Oficjalne otwarcie Szpitala Bielańskiego nastąpiło 19 grudnia 1960 roku. Budowa placówki trwała długo - ponad 10 lat od chwili, gdy dr Aleksander Pacho (pierwszy po wojnie Kierownik Stołecznego Wydziału Zdrowia)
wybrał i zatwierdził jej lokalizację. Pierwszym dyrektorem naczelnym placówki, został doc. dr med. Andrzej Trojanowski. Kubatura szpitala, który zbudowany jest w jednej bryle w kształcie litery H, wynosi ok. 160 000 m3.
Północne ramię budynku od ulicy Marymonckiej zajęły oddziały internistyczne, urologiczny, chirurgii dziecięcej, obserwacyjny i neurologiczny, pracownia rentgenodiagnostyczna, poradnia stomatologiczna i pracownia protetyczna.
W łączniku mieściła się administracja, laboratorium, zakład fizykoterapii
i rehabilitacji, punkt krwiodawstwa, pracownia serologiczna, blok operacyjny, sterylizacja, kuchnia i sala wykładowa. W południowym ramieniu znajdowały się oddziały chirurgii ogólnej, urazowej, laryngologii, okulistyki, położnictwa i ginekologii oraz noworodków. Ogólna Izba Przyjęć usytuowana była na parterze,
w szczycie północnego skrzydła, a ginekologiczno - położnicza - w szczycie skrzydła południowego.
Od końca 1960 roku zaczęła działać Przychodnia Przyszpitalna, jako integralna część placówki. Piękny teren od strony zachodniej budynku - z sosnami, basenem, ławkami, stwarzał pacjentom i ich rodzinom możliwość korzystania ze spacerów i odpoczynku. Placówka pełniła rolę szpitala rejonowego dla 160 000 mieszkańców Bielan, Żoliborza oraz Łomianek i Izabelina, zabezpieczając fachową, pełnoprofilową pomoc medyczną. Szpital stanowił także bazę dla Studium Doskonalenia Lekarzy Akademii Medycznej w Warszawie. Większość oddziałów była klinikami, które łącznie z Zakładem Anatomii Patologicznej oraz Zakładem Diagnostyki Laboratoryjnej prowadziły działalność dydaktyczno - naukową.. Szpital wielokrotnie wizytowany był przez liczne delegacje rządowe, resortowe i grupy lekarzy z Afryki, Azji, obu Ameryk oraz Europy.
W 1982 r. przeniesiono oddział okulistyczny do Szpitala Praskiego, a na jego miejscu powstał oddział diagnostyki endokrynologicznej. Na początku lat osiemdziesiątych dobudowano do południowego ramienia 3 piętrowy budynek, pawilon H, dla Przychodni Przyszpitalnej, Zakładu Rentgenodiagnostyki, Stołecznej Przychodni Endokrynologicznej
i szpitalnej administracji. W dniu 14 grudnia 1999 r. Szpitalowi Bielańskiemu nadano imię Księdza Jerzego Popiełuszki. Przy wejściu głównym wmurowana została tablica pamiątkowa z popiersiem Patrona i cytatem "niech [...] lecząc ciało nie zapominają o duszy ludzkiej, która jest cząstką samego Boga".
Obecnie, Szpital Bielański liczy obecnie 712 łóżek ( w tym 35 noworodkowych). Zatrudnia ok. 1500 pracowników;
w tym ok. 1300 osób personelu medycznego, z czego 81 osób to nauczyciele akademiccy. Przez 46 lat, do placówki przyjęto ponad 600 000 chorych. W okresie ostatnich 10 lat w Przychodni Przyszpitalnej leczono ponad 1,5 miliona pacjentów.
W roku 2005 - 2007 nastąpiło:
| • Modernizacja Oddziałów: Urazowo-Ortopedycznego, Laryngologicznego i Neurologicznego |
| • rozpoczęcie modernizacji kuchni Szpitalnej i budowy stołówki |
| • wprowadzenie całodobowego dyżuru hemodynamicznego – kwiecień 2007 |
| • uroczyste wręczenie Szpitalowi Bielańskiemu Certyfikatu ISO – styczeń 2007 |
| • otwarcie nowej Pracowni Hemodynamiki Oddziału Kardiologicznego– czerwiec 2006 |
| • utworzenie Kliniki logii CMKP na bazie Pododdziału Nefrologicznego - Maj 2006 |
| • otwarcie Oddziału Centrum Diagnostycznego ENEL – MED – marzec 2006 |
| • otwarcie wyremontowanego Oddziału Klinicznego Położnictwa i Ginekologii – luty 2006 |
| • otwarcie wyremontowanego Oddziału Diagnostycznego Kliniki Endokrynologii – luty 2006 |
| • rozpoczęcie modernizacji Apteki – luty 2006 |
| • otwarcie zmodernizowanego Oddziału Urologicznego – styczeń 2006 |
| • otwarcie nowego Oddziału Chirurgii Naczyniowej – listopad 2005 |
| • Szpital Bielański został laureatem konkursu Mazowiecka Firma Roku, zajmując drugie miejsce w kategorii: Medycyna – Zakłady Lecznictwa Zamkniętego – wrzesień 2005 |
| • otwarcie wyremontowanego oddziału Gastroenterologii – marzec 2005 |
| • otwarcie wyremontowanego IV Oddziału Chorób Wewnętrznych z Pododdziałem Nefrologicznym – marzec 2005 |
W 2003 - 2004 roku nastąpiło:
| • utworzenie Pododdziału Nefrologicznego |
| • realizacja programów badań przesiewowych dla wczesnego wykrywania raka jelita grubego i raka piersi |
| • otwarcie Centrum Diagnostyki Jednego Dnia |
| • rozbudowa Oddziału Neurochirurgii - utworzenie II Oddziału Neurochirurgii |
| • rozpoczęcie modernizacji nowoutworzonego Oddziału Gastroenterologicznego |
| • rozpoczęcie modernizacji IV Oddziału Chorób Wewnętrznych |
| • rozpoczęcie modernizacji Oddziału Ginekologiczno - Położniczego |
| • otwarcie Pracowni Endoskopii Przewodu Pokarmowego |
| • otwarcie zmodernizowanej Poradni Urazowo – Ortopedycznej |
| • otwarcie zmodernizowanego Oddziału Kardiologicznego |
| • uruchomienie Oddziału Dziennego Rehabilitacyjnego |
| • otwarcie Pracowni Elektrofizjologii |
| • nawiązanie współpracy z warszawską Akademią Wychowania Fizycznego w zakresie rehabilitacji – październik 2003 |
| • otwarcie najnowocześniejszego na Mazowszu Szpitalnego Oddziału Ratunkowego - lipiec 2003 |
| • realizacja programów badań przesiewowych dla wczesnego wykrywania raka piersi i raka szyjki macicy – kwiecień 2003 |
Ponadto zakupiono nowoczesną aparaturę endoskopową do badań jelita grubego, aparaturę do echokardiografii (badań przezprzełykowych) oraz badań urodynamicznych. W Pracowni Endoskopii Przewodu Pokarmowego, przeniesionej do Centrum Diagnostyki Jednego Dnia, uruchomiony został zamknięty system mycia i dezynfekcji endoskopów. W ramach termomodernizacji - wymieniona została instalacja centralnego ogrzewania w całym szpitalu, zmodernizowany węzeł cieplny, ocieplone budynki i po raz pierwszy od powstania szpitala odnowiona jego elewacja.
W latach 2000 - 2002 zrealizowane zostały następujące zadania:
| • utworzenie Kliniki Kardiologii Instytutu Kardiologii w Warszawie na bazie Oddziału Kardiologicznego - październik 2002 |
| • utworzenie Kliniki Neurologii Akademii Medycznej w Warszawie na bazie Oddziału Neurologicznego - październik 2002, utworzenie sali udarowej |
| • otwarcie drugiego Oddziału Motylkowego na terenie Szpitala – wrzesień 2002 |
| • utworzenie Klinicznego Oddziału Chirurgii Ogólnej i Naczyniowej CMKP na bazie Oddziału Chirurgii Ogólnej - lipiec 2002 |
| • uruchomienie Poradni Kardiologicznej we współpracy z Instytutem Centrum Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN - czerwiec 2002 |
| • otwarcie Centrum Leczenia Kamicy Moczowej - kwiecień 2002 |
| • otwarcie Klinicznego Oddziału Psychiatrycznego (IV Klinika Psychiatrii IPiN) w ramach Bielańskiego Centrum Zdrowia Psychicznego - grudzień 2001 |
| • przekształcenie II Oddziału Chorób Wewnętrznych w Oddział Kardiologiczny - październik 2001 |
| • modernizacja Laboratorium Centralnego i Pracowni Bakteriologii (outsourcing) - sierpień 2001 - styczeń 2002 |
| • otwarcie Pracowni Badań Mammograficznych i Ultrasonograficznych (outsourcing) - czerwiec 2001 |
| • otwarcie nowoczesnej Recepcji i Rejestracji Przychodni Przyszpitalnej - Działu Obsługi Pacjenta - maj 2001 |
| • uruchomienie jednej z najnowocześniejszych w Warszawie (i jednej z nielicznych pracujących 24 godziny na dobę przez 7 dni w tygodniu) Pracowni Tomografii Komputerowej (outsourcing) - styczeń 2001 |
| • otwarcie Klinicznego Oddziału Neurochirurgii (Klinika Neurochirurgii Instytutu Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej Polskiej Akademii Nauk) - styczeń 2001 |
| • otwarcie Oddziału Intensywnej Terapii - październik 2000 |
| • uruchomienie Kliniki Pediatrii CMKP na bazie Oddziału Pediatrycznego - czerwiec 2000 |
Ponadto w roku 2002 przeprowadzono remont całej powierzchni dachów, wymieniono wszystkie okna, zainstalowano nowoczesną cyfrową centralę telefoniczną, rozpoczęto budowę Szpitalnego Oddziału Ratunkowego.